एनआईसी मेघालय को पहली बार 1988 में अतिरिक्त सचिवालय भवन के तहखाने में स्थापित किया गया था और बाद में इसे अन्य जिला मुख्यालयों में विस्तारित किया गया था। अपनी स्थापना के बाद से एनआईसी ने राज्य में राज्य और केंद्र सरकार के संगठनों को कई सेवाएं प्रदान की हैं और इस क्षेत्र में स्थित राज्य और केंद्र सरकार के कार्यालयों को विभिन्न आईसीटी सेवाएं प्रदान करने में कोई कसर नहीं छोड़ी है । यहीं से राज्य के लिए सभी आईसीटी सेवाएं निकलती हैं।

वर्ष 2003 में, एनआईसी मेघालय सचिवालय हिल में अपने स्वयं के भवन में स्थानांतरित हो गया है, जिसमें राज्य सरकार के आईटी विभाग को राज्य में आईटी के विकास के लिए गतिविधियों को एक साथ सहक्रिया करने के लिए रखा गया है और यह भवन नवीनतम अत्याधुनिक आईसीटी अवसंरचना के साथ सभी प्रौद्योगिकी सेवाएं प्रदान कर रहा है ।